আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনালের প্রসিকিউটর তানভীর হাসান জোহা বলেছেন, বিয়ের অনুষ্ঠানে দেখা করে শেখ হাসিনাকে স্যালুট দেন সাবেক সেনা কর্মকর্তা মোজাফফর হোসেন। পরে তিনি কী করবেন, তা জানতে চান। তখন হাসিনা তাকে সেনাবাহিনীতে যোগদানের জন্য বলেছিলেন। হাসিনা তাকে সেনাবাহিনীতে আত্মসমর্পণের পরামর্শও দেন। পরে মোজাফফর আত্মসমর্পণ করেন। সেনা সদর থেকে একটি চিঠিও যায়। যাওয়ার পর কোনো কারণে মোজাফফরের যোগদান গ্রহণ হয়নি বা দেরি হচ্ছিল। তখন বাংলাদেশে ব্যবসা-বাণিজ্যের মধ্যে ঢুকে পড়েন মোজাফফর।

ট্রাইব্যুনালের তদন্ত সংস্থায় ১৩ সেপ্টেম্বর জিজ্ঞাসাবাদে মোজাফফর নিজেই এ কথা বলেছেন বলে জানিয়েছেন তিনি।

হত্যার পর চট্টগ্রাম সার্কিট হাউস থেকে তৎকালীন রাষ্ট্রপতি জিয়াউর রহমানের লাশ মোজাফফর হোসেন পাহাড়ে নিয়ে যান বলে সোমবার গণমাধ্যমকে প্রসিকিউটর তানভীর হাসান বলেন, মোজাফফর জিজ্ঞাসাবাদে জানিয়েছেন- লেফটেন্যান্ট কর্নেল (সাবেক) মতিউর রহমান তাকে জিয়াউর রহমানের লাশ পাহাড় থেকে ফেলে দেওয়ার নির্দেশ দিয়েছিলেন। তবে একজন ইমামকে ডেকে এনে জিয়াউর রহমানসহ তিনজনের লাশ একটি কবরে দাফন করেন তারা। এটা যে রাষ্ট্রপতির লাশ, তা ইমামকে তারা জানাননি।

১৯৮১ সালের ৩০ মে ভোররাতে চট্টগ্রাম সার্কিট হাউসে একদল বিপথগামী সেনা কর্মকর্তা জিয়াউর রহমানকে নৃশংসভাবে হত্যা করে। এই হত্যাকাণ্ডের ৪৫ বছর পর গত ১৫ জুলাই মেজর (অব.) মোজাফফর হোসেনকে রাজধানীর বনানী থেকে গ্রেফতার করে পুলিশ।

মোজাফফরের বাংলাদেশি জাতীয় পরিচয়পত্র (এনআইডি) ও পাসপোর্ট আছে বলে জানান তানভীর হাসান। এনআইডি ও পাসপোর্ট থাকার তথ্য মোজাফফর জিজ্ঞাসাবাদে জানিয়েছেন উল্লেখ করে তানভীর হাসান বলেন, ১৯৯৭ বা ১৯৯৮ সালে দেশে এসে তৎকালীন প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার সঙ্গে সাক্ষাৎ করেছিলেন মোজাফফর। এর আগে শেখ হাসিনার সঙ্গে দেখা করার জন্য মোজাফফর চেষ্টা করছিলেন, কিন্তু কোনো কারণে পাচ্ছিলেন না। সিরাজগঞ্জের সাবেক সংসদ-সদস্য হাবিবে মিল্লাত তাকে দেখা করার ব্যবস্থা করেন।