হত্যার পর পালানোর পথও ঠিক করে ফেলেছিল। সীমান্ত পেরিয়ে ভারতে যাওয়ার প্রস্তুতি নেওয়ার আগেই পুলিশের হাতে ধরা পড়ল সাতক্ষীরায় ছুরিকাঘাতে নিহত কলেজছাত্র মো. জাকারিয়া খান হত্যা মামলার প্রধান আসামি ও কিশোর গ্যাং নেতা নাহিদ হাসান। একই অভিযানে মামলার আরেক আসামি ও হত্যাকাণ্ডের সহযোগী অমিত হাসান ওরফে শিপনকেও গ্রেফতার করা হয়। মঙ্গলবার ভোরে কালিগঞ্জ উপজেলার সীমান্তবর্তী শুইলপুর গ্রামে অভিযান চালিয়ে তাদের গ্রেফতার করা হয়। গ্রেফতার নাহিদ সাতক্ষীরা শহরের ইটাগাছা পশ্চিমপাড়া মানিকতলা এলাকার মৃত গিয়াস উদ্দিনের ছেলে। অমিত হাসান ওরফে শিপন একই এলাকার মো. হুমায়ুন কবিরের ছেলে। পুলিশ জানায়, জাকারিয়া হত্যার পর নাহিদ ও তার সহযোগীরা আত্মগোপনে চলে যায়। জেলা গোয়েন্দা শাখা (ডিবি) ও সাতক্ষীরা সদর থানা পুলিশ গোপন সংবাদের ভিত্তিতে জানতে পারে, নাহিদ অবৈধ পথে ভারতে পালিয়ে যাওয়ার উদ্দেশে কালিগঞ্জ উপজেলার সীমান্তবর্তী এলাকায় অবস্থান করছে। এর পরিপ্রেক্ষিতে সদর থানা পুলিশ সোমবার গভীর রাতে সীমান্ত এলাকায় অভিযান চালিয়ে ভোরে তাদের গ্রেফতার করে। উল্লেখ্য, শনিবার রাত সাড়ে ১১টার দিকে তুচ্ছ বিষয় নিয়ে এক দোকানির সঙ্গে কয়েক তরুণের কথা কাটাকাটি ও ধস্তাধস্তি হয়। একপর্যায়ে তারা তাকে মারধরের চেষ্টা করলে জাকারিয়া তাকে রক্ষা করতে এগিয়ে যান। এতে ক্ষিপ্ত হয়ে কিশোর গ্যাং নেতা নাহিদ ও তার সঙ্গে থাকা কয়েক তরুণ জাকারিয়াাকে ছুরিকাঘাত করে। পরে তাকে উদ্ধার করে সাতক্ষীরা মেডিকেল কলেজ হাসপাতালে নিয়ে গেলে সেখানে চিকিৎসাধীন অবস্থায় ৩ অক্টোবর রাত সোয়া ১২টার দিকে তার মৃত্যু হয়।